Основана в 17 веке схимником Зосимой. После его смерти, пустынь переживала периоды расцвета и запустения, вплоть до полного разорения построенной часовни. Стабильно развиваться она начала во второй половине 19 века. Построены храмы, кирпичная стена по периметру, трапезная, кельи для монахов. На рубеже 19 и 20 веков пустынь стала широко известной. В пустынь пришло несколько послушников, составивших костяк зосимовской обители. К 1910 году число насельников увеличилось до 100 человек, монастырь приобрел прекрасный архитектурный ансамбль и превратился в одну из всероссийских святынь. Духовным окормлением здешних старцев пользовались виднейшие деятели церкви, представители аристократических фамилий и интеллигенции.
Монастырь был разогнан в 1923 году. В нем разместили детский дом. Затем в непосредственной близости построили воинскую часть. Монастырские корпуса были оборудованы под жилье для семей офицеров.
Возрождение монастыря началось в 1992 году. Идет активная реставрация, установка Богослужений, налаживаются отношения с военными. Все это непросто и восстановление продолжается насельники нуждаются в помощи благодетелей.